Há três principais sistemas processuais penais surgidos ao longo da história: inquisitório; acusatório, e misto ou francês.

O Sistema acusatório surgiu com o Direito Canônico e foi usado até o século XII. A persecução penal desse sistema tinha somente uma fase na qual aconteciam a investigação, a acusação, a defesa e o julgamento.

As funções de acusar, defender e julgar estavam devidamente separadas e cabiam cada qual a um ente. Havia ampla divisão dos poderes.
Qualquer pessoa da sociedade que obtivesse provas do fato poderia exercer a função acusatória e deteria o ônus da prova. A defesa era feita pelo próprio executado, e o julgamento era realizado pelo juiz designado. No caso da Europa no século XII, a sentença ficava a cargo dos bispos integrantes do Clero, que detinha, à época, grande poder de influência em aspectos tanto políticos quanto jurídicos na sociedade.

O sistema inquisitório surgiu no século XII juntamente com o advento da santa inquisição. Havia, também nesse sistema, uma fase processual na qual se davam a investigação, a acusação, a defesa e o julgamento. A grande mudança surgida nesse sistema foi a decisão de se concentrarem as funções de acusar, defender e julgar nas mãos de um só ente. Eliminou-se, então, a divisão dos poderes.

O sistema misto, ou francês, surgiu em 1808 após a outorga do Código Napoleônico (Code d’instruction criminelle), com vistas a que se contivessem a arbitrariedade e a concentração do poder. Adotou-se de volta a separação das funções de acusar, julgar e defender.
Essencial alteração inovada por esse modelo processual foi a bipartição da persecução criminal. Falamos, então, de duas fases: a fase investigatória, e a fase probatória e de julgamento. (A doutrina fala majoritariamente em bipartição, no entanto, pode-se falar em três fases da persecução criminal: polícia judiciaria, instrução e julgamento).

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